Cette semaine dans le Bird-Blog, on s’intéresse à un sujet d’actualité: les coronavirus et en particulier leur présence dans l’avifaune. 

Les coronavirus: qu’est-ce que c’est ?

Le premier point important à noter est qu’il n’y a pas un mais des coronavirus. En effet, les coronavirus, ou CoV, sont une famille regroupant de nombreux virus affectant des espèces animales et parfois l’homme. Le terme de « coronavirus » fait référence à leur aspect. Il s’agit de virus à enveloppe, celle-ci présentant des protubérances protéiniques en forme d’épines. A l’observation au microscope électronique, ils donnent l’impression d’être entourés d’une couronne, telle la couronne solaire, d’où leur nom.

Cela peut sembler effrayant mais les CoV circulent en continu dans le monde animal, principalement chez les mammifères (hors humains) et les oiseaux. L’une des particularités de cette famille de virus est leur grande diversité génétique. Ils ont une fort potentiel de mutation et de recombinaison, ce qui les rend capables d’infecter de nouveaux hôtes.

Lorsqu’ils affectent l’homme, les maladies sont très variées : cela peut aller du simple rhume à des symptômes beaucoup plus sévères. Ainsi, certains virus saisonniers appartiennent à la grande famille des coronavirus ! Aujourd’hui, six coronavirus sont connus pour provoquer des infections chez l’humain. Le Syndrome Respiratoire Aiguë Sévère ou SRAS a causé la mort de 774 personnes dans le monde entre novembre 2002 et juillet 2003 et infecté plus de 8000 personnes. Le Midlle-East Respiratory Syndrom ou MERS (syndrome respiratoire du Moyen-Orient) est un autre coronavirus hautement pathogène, détecté pour la première fois en 2012 et qui circule encore de nos jours à faible ampleur. Il est responsable de la mort de 567 décès et 1589 cas. Le CoV récemment identifié en Chine est un nouveau coronavirus. Baptisé 2019-nCoV, les scientifiques pensent qu’il a été transmis à l’humain par des animaux. De plus, on sait aujourd’hui qu’il se transmet d’humain à humain.

Les coronavirus présents chez les oiseaux

On l’a donc vu un peu plus haut, les CoV infectent régulièrement les oiseaux. Pour aller un peu plus loin dans le détail, ce sont certains membres de cette grande famille qui ont une préférence pour l’avifaune. En effet, les CoV sont divisés en 4 genres : alpha, bêta, gamma et deltacoronavirus. Si les deux premiers ont tendance à toucher les animaux domestiques et les humains, les deux derniers sont des spécialistes des oiseaux, voire, dans certains cas plus rares, des mammifères marins et de quelques carnivores asiatiques. Ainsi, on a identifié des gammacoronavirus chez les poulets (virus de la bronchite infectieuse aviaire ou IBV), chez les dindes (le TCoV) et les pintades.

Les gammacoronavirus infectent bien d’autres Ordres d’oiseaux : Columbiformes (les pigeons), les Psittaciformes (les perroquets), les Pélécaniformes (pélicans), les Ciconiiformes (cigognes), les Ansériformes (oies, cygnes, canards). Autrement dit, une large part des familles d’oiseaux ! Et ce n’est pas tout…Des deltacoronavirus cette fois ont été identifiés chez des passereaux comme les bulbuls et les grives. Les CoV peuvent donc potentiellement affecter une large variété d’oiseaux, de l’oiseau sauvage à l’oiseau d’élevage.

De l’importance d’une surveillance épidémiologique efficace

Et c’est bien sur ce point qu’il faut attirer l’attention : si les coronavirus peuvent représenter un danger, c’est par leur capacité à muter mais aussi et surtout par la possibilité de contamination entre oiseaux sauvages et oiseaux d’élevages. On l’ignore souvent mais les oiseaux sauvages (et les animaux sauvages de manière générale) sont des réservoirs naturels d’agents pathogènes. Ils ne présentent aucun symptôme, ils sont des porteurs sains. Le virus va alors évoluer et muter, voire carrément se recombiner avec d’autres CoV présents chez le porteur sain.

Pourquoi les oiseaux sont-ils d’excellents hôtes ? Et bien parce qu’un grand nombre d’espèces est potentiellement en mesure d’accueillir le virus, lui offrant ainsi de multiples possibilités de mutations et donc de « versions » du virus. Beaucoup d’espèces d’oiseaux ont tendance à se regrouper pour se nourrir ou pour se reposer: une aubaine pour un virus qui ne souhaite que se transmettre au plus grand nombre ! Enfin, les oiseaux sont capables de parcourir de grandes distances. Cela permet au virus de se propager et de potentiellement infecter de nouvelles espèces encore non rencontrées.

L’IBV, gammacoronavirus très largement présent dans les élevages intensifs de volailles, présente différentes souches. Or, des scientifiques ont trouvé une souche vaccinale de l’IBV dans des fientes de canards et de cygnes chanteurs (Ansériformes). La contamination d’oiseaux sauvages par des oiseaux d’élevages est donc bien possible, comme l’ont confirmé par la suite d’autres cas chez d’autres Ordres d’oiseaux sauvages. Il semblerait que ces souches vaccinales immunisent les oiseaux sauvages car le taux de mortalité des oiseaux en milieu naturel est plus faible. Le souci, c’est que cela n’empêche absolument pas le virus de muter, de se recombiner avec d’autres, bref d’évoluer afin d’être plus efficace dans son rôle de virus et d’augmenter son potentiel de transmission.

Et c’est pour cela que les oiseaux font l’objet d’une surveillance épidémiologique étroite. De par la possibilité de contamination entre oiseaux sauvages et domestiques (dans les deux sens), par la fréquence importante de porteurs sains dans les populations d’oiseaux sauvages et par leur capacité à se rassembler et à migrer sur de longues distances, les oiseaux sont à surveiller de près. Toutefois, il convient de rappeler, comme nous l’avons vu en début d’article, que de nombreux coronavirus sont présents naturellement chez les animaux, et en particulier chez les oiseaux, sans qu’une contamination à l’homme ne se fasse automatiquement. Il s’agit donc de prendre du recul et d’observer l’évolution d’une épidémie avec discernement.

Pour aller plus loin et en savoir plus sur les zoonoses, maladies venant de la faune sauvage et transmissible à l’humain, retrouvez l’article « Zoonoses: c’est grave docteur?« 

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Sources et recommandations :

• L’article très complet d’Ornithomedia : « Les coronavirus chez les oiseaux« 
• Image à la Une : Florian van Duyn